学术成果 | DNA+RNA技术助力临床发现PLB1-ALK罕见头对头融合

近日,中日友好医院钟定荣主任团队与吉因加合作,通过DNA+RNA联合检测在一例非小细胞肺癌(NSCLC)患者肿瘤中发现罕见头对头PLB1-ALK融合,提示应用该检测方法有利于临床发现新的ALK基因融合形式,明确融合产物表达情况,为临床决策提供精准信息。文章在线发表于Lung Cancer(IF=4.702)


7a8d82361d0e209fc0cc854c9313f274.jpeg

1.患者情况


患者是一位33岁男性,无吸烟史。2019年2月临床诊断为肺腺癌Ia期。手术切除肿瘤后,明确病理亚型为浸润性腺癌。观察到肿瘤周围病灶弥漫,但未侵犯脏层胸膜。患者术后进行辅助化疗巩固疗效,并定期随访。


71201cfc91d68b7e6cc238c2555ff0d9.jpeg

图1 病灶组织ALK过表达


2020年11月,患者随访时观察到疾病进展,IHC检测显示ALK蛋白过表达(图1)。为进一步探索潜在致病原因,研究采用吉因加OncoD和OncoFusion产品,基于1021Panel和RNA检测技术,进行NGS检测,发现了罕见的头对头融合基因PLB1-ALK,等位基因突变频率为7.5%。


2.PLB1-ALK融合


PLB1-ALK融合位于2号染色体短臂,由PLB1内含子5和ALK内含子19 以头对头的方式连接 (图2A)。

1614136228831005334.jpeg

图2 PLB1-ALK头对头融合在DNA和RNA层面均得到验证

 

我们通常认为头对头融合不会转录表达,但在该案例中,通过RNA层面的检测捕获了该基因融合,证实这一融合类型也会转录表达(图2B),虽然机制仍需进一步探索。


在确认了ALK的RNA和蛋白表达后,没有检测到任何其他致癌突变,推测PLB1-ALK融合是这位患者的驱动突变。


3.NGS检测ALK融合基因

ALK融合是NSCLC的分子亚群,在所有NSCLC患者中约占2~7%,携带ALK融合突变的患者,对ALK-TKI反应良好,近年来众多ALK-TKI的上市,显著延长了这一亚群的生存。

 

目前ALK融合检测主要通过免疫组化(IHC)或逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR) 等方法,但这两种方法都存在一定的局限性,IHC检测的结果受检测平台和主观判读的影响,而PT-PCR只能检测已知融合形式,可能存在一定程度的漏检。

1614136378732014578.jpeg

基于NGS的检测则比较全面、准确,尤其从DNA+RNA两个层面进行的全面筛查,可全面提升融合基因的检出率。2019年发表在Clin Cancer Res 上关于肺腺癌的研究发现,在DNA检测的基础上,补充RNA检测后,仍有14%患者检出融合突变,患者采用相应靶向治疗,80%患者疾病得到缓解。

 

本文案例即在免疫组化检测后,继续采用基于NGS的DNA和RNA测序,发现了一项通常认为不表达的新型头对头PLB1-ALK融合,进一步说明了DNA+RNA检测的全面性和准确性。